蓮と睡蓮は、同じような環境で育ちますので、今でも同じ植物と混同されている方々が、大勢います。つい最近まで、植物分類表で「蓮」は、睡蓮科に属し、睡蓮と一緒の仲間にされていました。しかし、近年のDNAや花粉構造の研究の結果、蓮と睡蓮は、従来考えられていた進化とは全く別の進化をしてきたことが判明しました。
今日では、「蓮」は蓮科（Nelumbonaceae）蓮属（Nelumbo）に属する一科、一属の植物なっています。
蓮の染色体は、紅・白の花を咲かせる東洋産種（Nelumbo nucifera）も黄蓮であるアメリ産種（Nelumbo lutea）も二倍体で、２n＝16であるが、三倍体3n=24の品種もある。
